Panel Kontrolny

Może zająć ci trochę czasu zanim przyswoisz sobie wszystkie możliwości Panelu kontrolnego, ale kiedy już ci się to uda na pewno będziesz zadowolony z efektów swojej pracy. Ta strona zawiera kluczowe informacje które powinieneś przeczytać.

Ogólne Informacje

Panel kontrolny pozwala na manipulowanie każdą grupą atomów oraz każdą wczytaną molekułą w bardzo prosty sposób. Jednak tylko jedna molekuła może być "kontrolowana" w danym czasie, będziesz zmuszony do przełączania się pomiędzy obecnie załadowanymi molekułami wciskając klawisz "Tab" Proszę zauważ że okno Panelu Kontrolnego powinno być "aktywne" (okienko które jest na wierzchu), inaczej klawisz "Tab" zamieni obecnie używane przez was narzędzie z okna wyświetlania (display window).

Zauważcie: możecie również przełączać się pomiędzy molekułami używając menu "Edit" (not available on PC ;/ ), lub przez okienko pop-up zlokalizowane na gurze okna Panelu Kontrolnego. W obu przypadkach pojawi się zaznaczenie (check mark) przed obecnie aktywną molekułą.
Możesz również kliknąć na nazwę warstwy którą chcesz aktywować w "Align Window" lub "Layer infos Window".

Nagłówek

Na gurze panelu kontrolnego znajduje się informacja o nazwie molekuły jaką teraz przeglądasz. Dwa przyciski wyboru (checkboxes) również są tam obecne. Na początku pracy z molekułą oba są aktywne. Kiedy przyciśniesz lewy to molekuła zostanie usunięta z (widoku ale nie z pamięci), przyśpieszy to rendering innych molekuł. Po kliknięciu prawego przycisku wyboru molekuła na której obecnie pracujesz zostaje zamrożona, pozwala to na przemieszczanie lub obracanie innymi molekułami bez wpływania na wyżej wymienioną molekułę.

Lista

Nazwa każdej grupy atomów pojawia się w lewej kolumnie Panelu Kontrolnego natychmiastowo poprzedzona przez łańcuch do którego należy (jeżeli takowy istnieje. Grupa może być zaznaczona (na czerwono)lub nie znaczona (na czarno). Grupa atomów jest wyświetlana tylko jeżeli jest zaznaczona (obecny znaczek v) w drugiej kolumnie "show". Podobnie łańcuchy boczne są widoczne jedynie jeżeli zaznaczycie (obecny znaczek v) je w kolumnie "side". Ta sama zasada odnosi się do wyboru widoku: etykiet z nazwami, sfer z wiązaniami van der Waalsa, oraz wstążek . Kolor poszczególnych grup jest wy świetlany w ostatniej kolumnie, znaczek "-" sygnalizuje że program ustawił kolory domyślne dla grup atomów (zapisane w ustawieniach programu). Zauważ że kolor domyślny odzwierciedla albo kolor szkieletu molekuły albo kolor łańcuchów bocznych, kolor wstążek, lub kolor szkieletu molekuły+łańcuchów bocznych zależnie od ustawień wyskakującego menu (pop-up menu) zlokalizowanego pomiędzy "color button" i pierwszym "color boxem".

Przypomnienie skrótów: "B" dla szkieletu molekuły, a "S" dla łańcuchów bocznych, "R" dla wstążek lub "BS" dla szkieletu molekuły+łańcuchów bocznych są one widoczne po przyciśnięciu przycisku "color".

Wszystkie grupy (aminokwasy, nukleotydy, HETATM) są wymienione w tym oknie, nie tylko aminokwasy. Dlatego kolumna łańcuchów bocznych jest ignorowana dla HETATM, ale będzie wyświetlała/przestawała wyświetlać podstawowe części nukleotydów, pozostawiając łańcuch rybozy nie tknięty.

Jeżeli chcesz przeprowadzić jakąś akcje dla wszystkich kolumn po prostu wciśnij klawisz "Shift" spowoduje to możliwość dowolnego zaznaczenia wielu kolumn. Zadziała to na wszystkie kolumny oprócz tej z nazwami grup. Aby zaznaczyć wszystkie grupy wybierz opcje "select all" w "Select" menu. Zauważ że że klawisz Ctrl pozwala na tworzenie przerywanych zaznaczeń.