Wydział Bioinżynierii Zwierząt powstał w 1950 r. pod nazwą Zootechniczny, z chwilą utworzenia w Olsztynie Wyższej Szkoły Rolniczej, przemianowanej w 1972 r. na Akademię Rolniczo-Techniczną. Od 1 września 1999 r. Wydział wchodzi w struktury Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego w Olsztynie, który powstał z połączenia Akademii Rolniczo-Technicznej, Wyższej Szkoły Pedagogicznej oraz Warmińskiego Instytutu Teologicznego.
W pierwszym roku istnienia Wydziału, jego strukturę organizacyjną tworzyły cztery jednostki:
- Katedra Biologii Zwierząt,
- Katedra Hodowli Ogólnej Zwierząt Domowych,
- Katedra Szczegółowej Hodowli Zwierząt Domowych,
- Katedra Żywienia Zwierząt.
W każdym następnym roku akademickim notowano dynamiczny rozwój Wydziału. W 1966 r. Wydział uzyskał pełne prawa akademickie do nadawania stopnia naukowego doktora i doktora habilitowanego w dziedzinie nauk rolniczych, w dyscyplinie zootechnika.
W 1998 r. Senat Akademicki na wniosek Rady Wydziału Zootechnicznego podjął uchwałę o zmianie nazwy wydziału, na Wydział Bioinżynierii Zwierząt.
W ponad 60-letniej historii Wydziału, Rada Wydziału nadała ponad 360 osobom stopień naukowy doktora, 118 stopień doktora habilitowanego nauk rolniczych z zakresu zootechniki, a tytuł naukowy profesora uzyskały 63 osoby. Ponadto wypromowano 7 doktorów honoris causa oraz dwóch honorowych profesorów. Studia ukończyło ponad 9 tys. absolwentów z tytułem magistra inżyniera lub inżyniera. Obecnie kadrę naukowo-dydaktyczną Wydziału stanowi 78 nauczycieli akademickich, w tym 37 profesorów (26 tytularnych) i 6 doktorów habilitowanych.
Na Wydziale, na studiach stacjonarnych i niestacjonarnych pierwszego stopnia (makrokierunek bioinżynieria produkcji żywności, kierunek zootechnika) oraz drugiego stopnia (kierunek zootechnika), a także na studiach podyplomowych i czteroletnich studiach doktoranckich, kształci się obecnie około 1200 studentów. W 2011 roku Państwowa Komisja Akredytacyjna przyznała ocenę wyróżniającą kierunkowi zootechnika, realizowanemu na naszym Wydziale. Tym samym jesteśmy pierwszym i aktualnie jedynym wydziałem w Polsce kształcącym na kierunku zootechnika, który został w ten sposób wyróżniony.
Aktualnie Wydział Bioinżynierii Zwierząt jest postrzegany jako nowoczesny, realizujący aktualnie ważne oraz perspektywiczne, zarówno z punktu widzenia nauki, jak i gospodarki północno-wschodniej Polski, kierunki rozwoju hodowli zwierząt gospodarskich i dziko żyjących, technologii produkcji, a także oceny i kształtowania jakości surowców zwierzęcych, ukierunkowanych na wytworzenie bezpiecznej i prozdrowotnej żywności.