Pracownię Hodowli Koni utworzono w 1950 r. Pierwszym kierownikiem był mgr Jan. Langier. W roku 1953/1954 kierownictwo objął zastępca prof. mgr Jerzy Szwemin, pełniący tę funkcję do 1956r. Od roku 1956 opiekunem Zakładu Hodowli Koni był ówczesny kierownik Katedry Szczegółowej Hodowli Zwierząt prof. Włodzimierz Szczekin-Krotow, całość zaś prac prowadził wspólnie z asystentem adiunkt dr Stanisław Lenkiewicz.

    W pierwszych latach Zakład Hodowli Koni mieścił się w bloku 36 w jednym pokoju z innymi Zakładami Wydziału. Początkowo z Zakładem Hodowli Owiec, następnie Zwierząt Futerkowych i w końcu z Zakładem Bazy Paszowej. Następnie, podobnie jak cały Wydział, przeniósł się do nowych pomieszczeń w gmachu Nowej Zootechniki, gdzie otrzymał 4 pokoje.

W latach 50-tych ze względu na brak kredytów, w działalności naukowo - badawczej ograniczono się głównie do prac monograficznych. Początek badań naukowych i rozwój zajęć dydaktycznych z zakresu hodowli koni i sportu jeździeckiego jest związany z nazwiskiem dr. Stanisława Wadowskiego, zatrudnionego od 1 lutego 1960 r. na stanowisku adiunkta w Katedrze Zoohigieny.

Od 1966 r. trwała budowa i rozbudowa uczelnianego Ośrodka Jeździeckiego. Dzięki staraniom doc. dr. hab. Stanisława Wadowskiego w 1972 r. w Kortowie II powstały ujeżdżalnia i stajnia koni. Niezależnie od tego nieprzerwanie przez cały ten czas trwało szkolenie członków sekcji oraz nauka konnej jazdy dla studentów Wydziału Zootechnicznego, w ramach zajęć w Studium Wychowania Fizycznego i Sportu.

W 1974 r. zmarł nagle doc. dr hab. Stanisław Wadowski. Kierownikiem Zakładu zostaje dr Ryszard Tomczyński, który podejmuje również pracę trenerską w Sekcji Jeździeckiej. Liczba koni w sekcji wzrasta do 12, a zawodnicy podnoszą swe umiejętności, czego owocem jest zdobycie drużynowego Akademickiego Mistrzostwa Polski i Mistrzostwa Polski Akademii Rolniczych. Członkowie sekcji startują w zawodach ogólnopolskich i zagranicznych.
W roku 1978 r. zakończono budowę bazy Ośrodka Jeździeckiego w Starym Dworze. Nowa stajnia miała pow.465m 2 . W 1984 r. zmieniono strukturę organizacyjną ośrodka i rozpoczęto zajęcia fakultatywne - jeździectwo rekreacyjne.. Po raz pierwszy ośrodek przyjął praktykantów zagranicznych. Dwa lata później odbył się pierwszy kurs instruktorski, następne przeprowadzono w latach: 1989,1991,1995, 2003, 2004, 2006.

W 1988 r. Zakład Hodowli i Użytkowania Koni przeniósł się z Nowej Zootechniki do budynku przy ulicy Prawocheńskiego 2, zajmowanego uprzednio przez Wydział Weterynaryjny. W 1998 r. zakład otrzymał status Katedry Hodowli i Użytkowania Koni.

Od 1 kwietnia 2004r. Katedra Hodowli i Użytkowania Koni zmieniła nazwę na Katedrę Hodowli Koni i Jeździectwa.

W związku z przejściem prof. dr hab. Ryszarda Tomczyńskiego na emeryturę, od dnia 1 października 2006r. funkcję kierownika Katedry objął dr hab Zbigniew Jaworski, prof. UWM.

W lutym 2019 r. (po 30 latach) nastąpiło przeniesienie Katedry Hodowli Koni i Jeździectwa do budynku Wydziału Bioinżynierii Zwierząt (Zootechnika).

W związku z osiągnięciem wieku emerytalnego przez dotychczasowego kierownika Katedry Pana prof. dr hab. Zbigniewa Jaworskiego funkcję kierownika Katedry z dniem 1 lipca 2019 objęła dr hab. inż. Ewa Jastrzębska.