W całym okresie istnienia Zakładu i Katedry prowadzono prace eksperymentalne i studialne związane z hodowlą i użytkowaniem oraz praktycznym żywieniem poszczególnych grup produkcyjnych trzody chlewnej. Głównymi kierunkami badań naukowych były:
1. prace nad wytworzeniem nowej rasy świń,
2. ocena efektywności zastosowania różnych wariantów krzyżowania towarowego,
3. efektywność odchowu prosiąt w zależności od terminów odsadzania od loch i rodzaju podawanych mieszanek pełnoporcjowych,
4. uwarunkowania użytkowości rozpłodowej loch,
5. określenie możliwości zastosowania produktów rzepakowych, nasion roślin strączkowych i pszenżyta w mieszankach pełnoporcjowych dla różnych grup świń,
6. dobrostan świń.

Trudno krótko podsumować i określić, które z wymienionych grup tematycznych miały największe znaczenie. Największą liczbę prac wykonano jednak z zakresu odchowu prosiąt oraz praktycznego żywienia różnych grup świń. Finansowane one były przez IZ w Krakowie, PAN w Jabłonnie, różne instytucje związane z rolnictwem, oraz z funduszu badań własnych i statutowych Uczelni.
W 1990 roku zakończono 5-letni okres badań w ramach CPBR 10.17/VII, którego koordynatorem IIo była prof. dr hab. Barbara Grudniewska. Uczestniczyły w nim wszystkie Zakłady Hodowli Trzody Chlewnej w Polsce, oraz kilka reprezentujących inne, pokrewne specjalności.
Dzięki funduszom związanym z wykonywanymi w ramach programu tematami zakupiono pierwszy w Zakładzie komputer, kopiarkę, aparaty elektroniczne do pomiarów grubości słoniny dla wszystkich Zakładów Hodowli Trzody Chlewnej w kraju i aparaturę do oznaczania składu chemicznego pasz.
W latach dziewięćdziesiątych zakończono realizację 4 projektów badawczych, tzw. grantów finansowanych przez Komitet Badań Naukowych:

• „Rzepak w żywieniu świń”, lata 1991-1994, kierownik: prof.dr hab. Marian Kozłowski,
• „Wpływ mieszanek z udziałem poekstrakcyjnej śruty i nasion rzepaku dwuzerowego na  odchów, jakość nasienia i użytkowość rozpłodową knurów”, lata: 1993-1995, kierownik: 
• prof.dr hab. Janusz Falkowski,
• „Badania nad występowaniem Ochratoksyny A w zbożach, mieszankach 
• pełnoporcjowych oraz narządach tuczników”, lata: 1996-1998, kierownik: prof. dr hab. Antoni Jarczyk.
• ”Porównanie efektywności tuczu świń wysokomięsnych żywionych metodą wyboru (ang. choice-feeding) i metodą fazową” (lata 1998-2000), kierownik - prof.dr hab. Janusz Falkowski.

Cechy tuczne i rzeźne, wartość dietetyczna mięsa, wskaźniki przemian lipidowych i zmiany anatomopatologiczne jelit u świń wysokomięsnych otrzymujących w II okresie tuczu mieszanki o podwyższonej zawartości włókna surowego Grant KBN, NR 3P06Z 01924 lata 2003-2005 – kierownik dr Wojciech Kozera.

Cechy tuczne, behawior i jakość produktu rzeźnego w zależności od sposobu utrzymania i żywienia świń N311 2472 33. 2007-2010 – główny wykonawca.

Wyniki zakończonych prac naukowych były i są publikowane w kraju i za granicą, w językach polskim, angielskim, niemieckim, rosyjskim, czeskim i słowackim. Komunikaty naukowe są prezentowane na konferencjach krajowych i zagranicznych, m.in. podczas dorocznych zjazdów Europejskiej Federacji Zootechnicznej.
Jako przedstawiciele tzw. nauk stosowanych, pracownicy naukowo-dydaktyczni zawsze ściśle współpracowali z instytucjami terenowymi, uczestnicząc w szkoleniach kadry zootechnicznej różnych szczebli oraz indywidualnych producentów trzody chlewnej. Uważali też za swój obowiązek przedstawianie wyników badań nie tylko w opracowaniach naukowych, ale i licznych artykułach popularno-naukowych, popularnych, instrukcjach, ulotkach itp.
Pracownicy Katedry odbywali staże naukowe w krajowych ośrodkach badawczych i produkcyjnych oraz za granicą, m.in. w Czechach, Słowacji, Bułgarii, Niemczech, Kanadzie, Holandii i Norwegii. Od ponad 20 lat utrzymywana jest stała współpraca naukowa z uniwersytetami rolniczymi Czech i Słowacji. Aktualnie są to: Południowo-Czeski Uniwersytet Rolniczy w Czeskich Budziejowicach (prof. Vaclav Matoušek), Czeski Uniwersytet Rolniczy w Pradze (prof. Miloslav Pour), Rolniczo-Leśny Uniwersytet im. Mendla w Brnie (prof. Stanisław Buchta, doc. Marie Čechova) i na Słowacji Uniwersytet Rolniczy w Nitrze (doc. Juraj Mlynek, prof. Lubomir Kovač). Współpraca dotyczy organizacji wspólnych konferencji, staży naukowych, obozów kół naukowych i wymiany publikacji naukowych.
Tematyka badawcza zespołu Katedry Hodowli Trzody Chlewnej, która uzyskała zainteresowanie międzynarodowe i krajowe
a) Badania nad zastosowaniem produktów rzepakowych w żywieniu różnych grup
produkcyjnych świń
b) Wyniki odchowu prosiąt w zależności od terminu odsadzania od loch i wartości
pokarmowej mieszanek użytych do dokarmiania i żywienia po odsadzeniu
c) Wpływ dodatku kwasów organicznych do mieszanek na odchów prosiąt w okresie
poodsadzeniowym
d) Badania nad smakowitością diet stosowanych w żywieniu rosnących świń

Planowana i realizowane tematyka badawcza:

Proekologiczne metody chowu świń

Uwarunkowania chowu i hodowli świń w regionie Warmii i Mazur

Kontynuacja badań nad efektywnością zastosowania komponentów białkowych w
mieszankach przeznaczonych dla różnych grup produkcyjnych świń

Skuteczność stosowania dodatków paszowych w żywieniu rosnących świń

Ocena jakości mięsa w zależności od zastosowanego żywienia i utrzymania

Stosowanie dodatków paszowych w żywieniu poprawiających zdrowotność i odchów świń