Genotypowanie bydła przy użyciu Illumina Bovine SNP BeadChips

Usługa polega na izolacji DNA genomowego z krwi, cebulek włosowych lub wycinków ucha oraz oceny ilości i jakości uzyskanego preparatu DNA oraz jego kalibracji. Tak przygotowane DNA jest następnie użyte do genotypowania, czyli uzyskania genotypów SNP mikromacierzy różnych gęstości (7K, 40K, 50K, 777K). uzyskane genotypy poddaje się ocenie jakościowej w programie Illumina GenomeStudio, po czym przygotowuje się raporty wynikowe w postaci plików zgodnych z wymaganiami centrum obliczeniowego krajowego lub zagranicznego. Raporty te służą do obliczenia genomowej wartości hodowlanej badanego osobnika, które otrzymuje hodowca bezpośrednio z centrum obliczeniowego.

Identyfikacja nosicieli defektu genetycznego Brachyspina u buhajów rozpłodowych

Brachyspina to najnowszy defekt genetyczny. Termin Brachyspina oznacza „skrócony kręgosłup” i jest to główna anatomiczna cecha osobników obciążonych tym defektem. Inne symptomy występujące u osobników chorych to poronienia i martwe urodzenia. Objawy te jednak mogą pojawić się jeśli oboje rodzice są nosicielami. Zgodnie z prawem dziedziczenia Mendla, w wyniku kojarzenia ze sobą nosicieli, ¼ potomstwa będzie chora, ½ będzie nowymi nosicielami, a pozostałe 25% stanowić będą osobniki wolne od mutacji wywołującej chorobę. Wykrywanie nosicieli ma zatem kluczowe znaczenie, gdyż ich odsunięcie z hodowli znacząco ogranicza możliwości rozprzestrzenienia się niepożądanej mutacji. Światowa Federacja Bydła Holsztyńsko-Fryzyjskiego oficjalnie wprowadziła oznaczenie nosicieli tego defektu symbolem BYC, który obecnie jest stosowany powszechnie w opisie rodowodowym buhajów na całym świecie. Jak każdy defekt symbol Brachyspiny – BY występuje przy nazwie buhaja. Jako, że nosiciele są zupełnie zdrowi, opracowano test molekularny, który identyfikuje mutację w DNA, która odpowiada za wadę Brachyspina.

Badanie bydła na nosicielstwo mutacji G128D powodującej BLAD

W hodowli bydła mlecznego rasy czarno-białej zagrożeniem populacyjnym było występowanie syndromu przejawiającego się dysfunkcjią układu białokrwinkowego. Przyczyną występowania BLAD jest mutacja punktowa genu kodującego podjednostkę CD18 beta-2 integryny. Mutacja ma charakter letalny i homozygoty recesywne podlegają naturalnej eliminacji przed osiągnięciem dojrzałości płciowej Wieloletnie badania spowodowały likwidację zagrożeń populacyjnych, jednak istnieje konieczność dalszych badań gdyż można oczekiwać wzrostu częstości allelu BL w populacji ze strony matek.


Badanie bydła na nosicielstwo defektu genetycznego CVM

Hodowla bydła w Polsce jest zagrożona defektem genetycznym – zespołem zniekształceń kręgosłupa CVM (Complex Vertebral Malformations), który przedostał się do bydła krajowego za pośrednictwem importowanego nasienia buhajów rasy HF. Objawy kliniczne występują u homozygot recesywnych w postaci poronień, martwych urodzeń cieląt i ich licznych deformacji, głównie kręgosłupa. Wykrywanie nosicieli tej choroby genetycznej jest możliwe dzięki technikom analizy DNA: izolacji DNA z nasienia lub krwi, amplifikacji genu docelowego metodą PCR, identyfikacji genotypu za pomocą metody SSCP i potwierdzenia genotypowania metoda sekwencjonowania DNA. Z pierwszych w Polsce badań pilotażowych wykonanych w UWM Olsztyn wynika, że częstość występowania nosicieli CVM wśród buhajów wycenionych rasy czarno-białej może wynosić nawet ponad 15%, stąd pilna konieczność testowania zwierząt w całym kraju. Uniwersytet Warmińsko-Mazurski posiada licencję na testowanie bydła na CVM w Polsce. 


Badanie bydła na nosicielstwo mutacji wywołującej syndaktylię

Syndaktylia u bydła może dotyczyć 1,2,3 lub wszystkich kończyn, najczęściej występuje w kończynach przednich. Występuje u ras: HF, Angus, Simmental, Brown Swiss, Chianina, Japanese Native, Hariana, Swedish Red Pied, Czech Black Pied.  Uwarunkowana monogenowo recesywnie z niepełną penetracją genu zależną od rasy (~ 79 % u bydła HF). Locus zmapowano w chromosomie BTA15. Mutacje przyczynowe tej wady znaleziono w bydlęcym genie LRP4 (low density lipoprotein receptor-related protein 4) kodującym białko zbudowane z 1905 AA.


Badanie świń na nosicielstwo syndromu stresu `swiń – Porcine Stres Syndrom (PSS)

W populacji świń rasy pietrain i ich mieszańców, rasy pbz i rasy wbp oraz ich mieszańców występuje choroba genetyczna PSS, wywołana mutacją punktową w pojedynczym genie RYR1 - receptora ryanodiny 1 (zwanym dawniej genem halotanowym). U homozygot recesywnych choroba ta objawia się nadwrażliwością na stres prowadząca do upadków zwierząt oraz do pogorszenia jakości mięsa (tzw. mięso PSE). Wykrywanie nosicieli tej choroby genetycznej jest możliwe dzięki technikom analizy DNA: izolacji DNA z nasienia lub krwi, amplifikacji fragmentu genu RYR1, identyfikacji genotypu za pomocą metody SSCP i potwierdzenia genotypowania metoda polimorfizmu fragmentów restrykcyjnych produktu PCR (RFLP). Częstość występowania nosicieli PSS wśród knurów, szczególnie rasy pietrain i pbz jest dość wysoka, choć systematycznie spada. Ze względu na przepisy weterynaryjne choroba ta jest obowiązkowo diagnozowana u knurów hodowlanych zakupywanych do stacji produkcji nasienia. Uniwersytet Warmińsko-Mazurski opracował własna metodę i procedurę identyfikacji nosicieli. 


Oznaczenie genotypów CASK i BLG u buhajów rozpłodowych i fenotypu CASK i BLG w mleku krów

Potencjał genetyczny bydła mlecznego, obok żywienia krów i higieny doju, odgrywa co najmniej równorzędną rolę w procesie pozyskiwania wartościowego surowca. Odmiana   B genu kappa-kazeiny (CASK) i odmiana B beta-laktoglobuliny (BLG) są markerami lepszej przydatności technologicznej mleka (obejmującej cechy takie jak: zawartość białka, czas krzepnięcia, zwięzłość i skład skrzepu oraz wydajność produkcji sera). Sukcesywne testowanie buhajów ujawnia zmienność genetyczną bydła mlecznego w zakresie właściwości serowarskich mleka. Poprzez selekcję buhajów, a nawet prostą ukierunkowaną dystrybucję nasienia buhajów w terenie, allele B genów CASK i BLG mogą zostać wykorzystane do poprawy jakości surowca mlecznego: jego składu i przydatności technologicznej, a tym samym wydajności i jakości produktów mleczarskich. Zmiany wywołane selektywną inseminacją buhajów można monitorować w stadach krów stosując metodę oznaczenia fenotypu obu białek w mleku.

Badanie na nosicielstwo prowirusa enzootycznej białaczki bydła (BLV)

W hodowli bydła buhaje i krowy są obligatoryjnie badane na nosicielstwo przeciwciał wirusa enzootycznej białaczki (BLV – Bovine Leukocyte Virus) w oparciu o metodę ELISA lub AGID. Z kilku powodów metody te, choć powszechnie stosowane nie wykrywają części zwierząt zakażonych, szczególnie młode o zbyt małym mianie przeciwciał BLV. W Uniwersytecie Warmińsko-Mazurskim opracowano kilka odmian metody wykrywania DNA prowirusa białaczki bezpośrednio w krwi lub w mleku. Wykrywanie nosicieli BLV jest możliwe dzięki technikom analizy DNA: izolacji DNA genomowego z krwi lub mleka i amplifikacji fragmentu genu BLV env lub genu gag metodą PCR. Wykorzystanie opracowanych metod detekcji BLV może przyczynić się do szybszego ograniczenia tej epizootii w Polsce. Badania wykonane są we współpracy z Państwowym Instytutem Weterynarii w Puławach.