Historia Katedry Mikrobiologii rozpoczyna się w 1952 r., kiedy to mgr Jan Buśko rozpoczął badania z zakresu mikrobiologii rolnej w Katedrze Mikrobiologii na Wydziale Mleczarskim. W 1955 r., po zatrudnieniu dr. Jadwigi Strzemskiej, zakres prac został rozszerzony. W 1957 r. w ramach tej katedry powstał Zakład Mikrobiologii Rolnej. W 1959 r. Katedrę Mikrobiologii na Wydziale Mleczarskim przemianowano na Katedrę Mikrobiologii Technicznej, a na Wydziale Rolniczym utworzono Katedrę Mikrobiologii Rolnej. W 1970 r. Katedra Mikrobiologii Rolnej weszła w skład Instytutu Hodowli Roślin i Nasiennictwa, jako jeden z zakładów tego instytutu. W 1978 r. nastąpiła kolejna reorganizacja, związana z przejsciem na emeryturę prof. Jadwigi Strzemskiej, i Zakład Mikrobiologii Rolnej przekształcono w Zespół Naukowo-Dydaktyczny Katedry Ogólnej Uprawy Roli i Roślin. 1 września 1988 r., wraz z zatrudnieniem prof. Jana Kucharskiego, reaktywowano samodzielny Zakład Mikrobiologii Rolnej, który w 1993 r. przekształcono w Katedrę Mikrobiologii Rolnej, a w 1996 r. - w Katedrę Mikrobiologii. Do 1978 r. kierownikiem Zakładu/Katedry była prof. dr Jadwiga Strzemska. W latach 1978-1988 opiekę nad Zespołem Naukowo-Dydaktycznym sprawował kierownik Katedry Ogólnej Uprawy Roli i Roślin, od 1988 r. do 2009 r. kierownikiem Zakładu/Katedry był prof. dr hab. Jan Kucharski. Od 1. stycznia 2010 r. kierownikiem Katedry jest prof. dr hab. Jadwiga Wyszkowska, prof. zw.