Głównym celem działalności Koła są praktyczne działania na rzecz ochrony przyrody na obszarze Polski północno-wschodniej. W czasie letnich obozów naukowych wykonywane są terenowe badania florystyczne służące waloryzacji szaty roślinnej obiektów cennych przyrodniczo, wytypowanych w porozumieniu z Wojewódzkim Konserwatorem Przyrody oraz zarządami obszarów chronionych.  Ich efektem są ekspertyzy zawierające dokumentacje do tworzenia rezerwatów przyrody lub użytków ekologicznych, złożone w Urzędzie Wojewódzkim w Olsztynie, w dyrekcjach odpowiednich parków krajobrazowych i nadleśnictwach. Dotychczas powstały opracowania ekspertyzowe służące ochronie przyrody w Mazurskim Parku Krajobrazowym, PK Wzgórz Dylewskich, PK Wysoczyzny Elbląskiej i w Wigierskim Parku Narodowym, a także w Leśnictwie Wałsza i Leśnictwie Grzybowo. Wyniki badań własnych zostały zaprezentowane w formie referatów lub posterów na sympozjach kół naukowych odbywających się w różnych ośrodkach akademickich w kraju i  poza Polską, opracowywane do druku w postaci doniesień konferencyjnych. Kilkakrotnie Koło było laureatem nagród w konkursach prezentacji własnych badań.

Badania prowadzone podczas obozów oraz udział w wiosennych warsztatach botanicznych są dla członków Koła bardzo cennym doświadczeniem z punktu widzenia ponadprogramowego poszerzania wiedzy botanicznej, szczególnie w zakresie florystyki, fitosocjologii oraz ochrony gatunków i fitocenoz. Pozwalają także rozwinąć zainteresowania przyrodnicze, a nieraz nawet prawdziwą pasję naukową.