W 1950 r. w nowo powołanej Wyższej Szkole Rolniczej w Olsztynie na Wydziale Zootechnicznym utworzono Zakład Fizjologii Zwierząt Domowych w Zespołowej Katedrze Biologii Zwierząt Domowych. Pierwszym Kierownikiem Katedry i Zakładu był profesor kontraktowy lek. wet. Kazimierz Rzeszowski. Od 1955 r. do grudnia 1958 r. funkcję p.o. kierownika Zakładu Fizjologii Zwierząt pełnił lek. wet. Jan Chudy. W styczniu 1959 r. funkcję p.o. kierownika Zakładu objął dr Tadeusz Krzymowski. W 1961 r. Zakład Fizjologii przekształcono w Katedrę, a kierownictwo powierzono doc. dr. hab. T. Krzymowskiemu.
W związku z utworzeniem w uczelni struktury instytutowej w 1970 r. Katedrę Fizjologii Zwierząt i Katedrę Biochemii Zwierząt połączono w Instytut Fizjologii i Biochemii Zwierząt. Dyrektorem Instytutu został prof. dr Wacław Minakowski, a jego zastępcami: ds. naukowych - prof. dr hab. Tadeusz Krzymowski, ds. dydaktycznych doc. dr hab. Halina Krzymowska.

W roku 1973 w ramach Instytutu powołano dwa zakłady: Zakład Biochemii Zwierząt i Zakład Fizjologii Zwierząt, którego kierownikiem został prof. dr hab. Tadeusz Krzymowski. W roku 1975 prof. dr hab. Tadeusz Krzymowski zostaje dyrektorem Instytutu i kierownikiem Zakładu Fizjologii Zwierząt, a zastępcami byli: prof. dr W. Minakowski - ds. naukowych i doc. dr hab. H. Krzymowska - ds. dydaktycznych.

W roku 1983 wyłączono z Instytutu Zakład Biochemii Zwierząt, a Instytutowi zmieniono nazwę na Instytut Fizjologii Zwierząt. Dyrektorem Instytutu do września 1988 r. był prof. dr hab. Tadeusz Krzymowski, a jego zastępcami były prof. dr hab. Halina Krzymowska (do 1983 r.) i doc. dr hab. Jadwiga Przała (1983 - 1988).
W 1988 r. w związku z odejściem prof. dr. hab. Tadeusza Krzymowskiego na stanowisko dyrektora w nowo organizowanej placówce PAN w Olsztynie, dyrektorem Instytutu Fizjologii Zwierząt została prof. dr hab. Jadwiga Przała, a zastępcą doc. dr hab. Luiza Dusza.

Decyzją rektora ART z dnia 6. grudnia 1996 r. Instytut Fizjologii Zwierząt Wydziału Zootechnicznego przeniesiono na nowo organizowany Wydział Biologii. W związku z powstaniem Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego w 1999 r. Instytut przekształcono w Katedrę Fizjologii Zwierząt. Kierownikiem Katedry została prof. dr hab. Jadwiga Przała. Od października 2009 r. obowiązki kierownika Katedry pełni prof. dr hab. Stanisław Okrasa.