Instytut Historii i Stosunków Międzynarodowych jako jednostka organizacyjna Wydziału Humanistycznego Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego w Olsztynie istnieje od początku istnienia Uniwersytetu (1999).
Kształcenie na kierunku historia rozpoczęto w Wyższej Szkole Nauczycielskiej w 1969 roku, później kontynuowano w Wyższej Szkole Pedagogicznej (od 1974 r.) i na Uniwersytecie Warmińsko-Mazurskim w Olsztynie (od 1999 roku). Początkowo studenci historii kształcili się na jednolitych studiach magisterskich, od 2005 r. na studiach I stopnia (licencjackich) i II stopnia (magisterskich), a od 2006 na studiach III stopnia (doktoranckich). Rada Wydziału Humanistycznego posiada uprawnienia do nadawania w zakresie historii stopnia naukowego doktora nauk humanistycznych od 1999 r., a od roku 2006. stopnia doktora habilitowanego. Kierunek był prowadzony przez Zakład Historii powołany w 1969 roku. Pierwszym kierownikiem Zakładu Historii i wielokrotnym dziekanem Wydziału Humanistycznego Wyższej Szkoły Pedagogicznej w Olsztynie był doc. dr Stanisław Szostakowski.
W 1988 roku Zakład Historii został przekształcony w Instytut Historii, a w 2001 r. już w ramach Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego, po utworzeniu kierunku stosunki międzynarodowe, nazwę tę rozszerzono do brzmienia obecnego.
Instytutem dotychczas kierowali:
dr hab. Stanisław Szostakowski, prof. WSP
prof. dr hab. Józef Śliwiński
dr hab. Tadeusz Filipkowski, prof. UWM
prof. dr hab. Sławomir Kalembka
prof. dr hab. Jan Sobczak
prof. dr hab. Bohdan Ryszewski
dr hab. Zoja Jaroszewicz-Pieresławcew, prof. UWM.
Obecnie dyrektorem jest prof. dr hab Andrzej Kopiczko.
Czasopisma
