W 1950 roku powstała Katedra Ochrony Roślin. Jej pierwszym kierownikiem został dr Henryk Sandner. W 1951 roku stanowisko to objęła prof. dr Janina Wengris. Wchodzący w skład Katedry Zakład Entomologii Stosowanej był kierowany od 1967 do 1969 roku przez dr Klementynę Stępniewską. Od 1969 r. kierownikiem została doc. dr hab. Irena Żurańska. W roku 1952 powstał Zakład Fitopatologii, którego kierownikiem do 1958 roku był prof. dr Dominik Wanic. W latach 1958 - 1959 funkcję tę pełnił doc. dr hab. Tadeusz Pietkiewicz, a w latach 1959 - 1962 doc. dr hab. Andrzej Nespiak. Od roku 1963 kierownictwo nad zespołem fitopatologii objęła doc. dr hab. Helena Wojciechowska i funkcję tę pełniła do 1985 roku. W latach: 1970 – 1973 Katedrę przekształcono w Instytut Chemizacji Rolnictwa, którego kierownikiem został prof. dr Mieczysław Koter. W jego skład wchodził Zakład Fitopatologii oraz Zakład Entomologii Stosowanej kierowany przez doc. dr hab. Irenę Żurańską.
W roku 1973 nastąpiła kolejna reorganizacja jednostki, powołano Instytut Ochrony Roślin, którego kierownikiem został doc. dr hab. Zdzisław Przeździecki. Instytut w latach 1973 – 1975 tworzyły: Zakład Entomologii Stosowanej i Biologicznych Skutków Chemizacji Rolnictwa (kierownik: doc. dr hab. Irena Żurańska), Zakład Fitopatologii i Techniki Ochrony Roślin (prof. dr hab. Helena Wojciechowska-Kot) oraz Zakład Agrometeorologii. W roku 1975 nastąpiła kolejna reorganizacja struktury Instytutu Ochrony Roślin, której wynikiem było utworzenie 4 jednostek: Zakładu Entomologii Stosowanej (kierownik: doc. dr hab. Irena Żurańska), Zakładu Fitopatologii, Zakładu Chemii Toksykologicznej i Techniki Ochrony Roślin oraz Zakładu Agrometeorologii. W roku 1978 kierownikiem Instytutu Ochrony Roślin została doc. dr hab. Janina Mikołajska. Pod jej kierownictwem Instytut został przekształcony w roku 1983 w Katedrę Ochrony Roślin, w której strukturach od 1988 r. utworzono Zakład Agrolotnictwa. W roku 1991 funkcję kierownika Katedry objęła prof. dr hab. Halina Kozaczenko. Po jej śmierci w 1993 roku kierownikiem ponownie została prof. dr hab. Janina Mikołajska. W roku 1994 kierownictwo Zakładu Entomologii Stosowanej powierzono prof. dr hab. Władysławowi Czajce.
W 1997 roku funkcja Kierownika Katedry Ochrony Roślin przeszła w ręce pani prof. dr hab. Danuty Murawy, a kierownikiem Zakładu Entomologii została prof. dr hab. Dolores Ciepielewska, natomiast kierownikiem Zakładu Fitopatologii został prof. dr hab. Władysław Czajka. Nastąpiły też zmiany w strukturze Katedry: Zakład Agrolotnictwa przekształcił się w Zakład Techniki Ochrony Roślin, a w miejsce Zakładu Metod Ochrony Roślin utworzono Zakład Toksykologii Środowiskowej. W roku 2000 Katedrę Ochrony Roślin przekształcono w Katedrę Fitopatologii i Entomologii, której kierownikiem została prof. zw. dr hab. Dolores Ciepielewska. W jej strukturze funkcjonują obecnie dwa zespoły: Fitopatologii i Entomologii.
1 stycznia 2010 roku na kierownika Katedry Fitopatologii i Entomologii zostaje wybrany prof. dr hab. Tomasz Kurowski, który od 1 X 2012 do X 2016 roku pełnił również funkjcę Prodziekana ds. promocji i kształcenia.
W 2016 roku doszło do połączenia się dwóch jednostek: Katedry Fitopatologii i Entomologii oraz Katedry Diagnostyki i Patofizjologii Roślin, w wyniku którego utworzona została Katedra Entomologii, Fitopatologii i Diagnostyki Molekularnej.
29 września 2020 roku, wraz z odejściem Prof. dr hab. Tomasza Kurowskiego na emeryturę, kierownikiem Katedry została Pani Prof. dr hab. Bożena Kordan.
