Bioinformatyka

Treść:

Za pomocą edytora tekstu (notatnik, Metapad, Notepad++, itp.) lub edytora sekwencji molekularnych (np. BioEdit, GeneDoc, itp.) należy wykonać ręczny alignment wielu sekwencji nukleotydowych (mogą to być sekwencje pobrane w ćwiczeniu BLAST, w którym wyszukiwało się zbioru homologicznych sekwencji nukleotydowych lub jednym z ćwiczeń ENTREZ, w którym wyszukiwało się zbioru sekwencji o wspólnych cechach). Porównywanych sekwencji powinno być co najmniej 10. Należy pamiętać o tym, aby pozycje konserwatywne ustawiać we wspólnych kolumnach starając się jednocześnie ustawić całe bloki konserwatywne (poza delecjami i insercjami należy pamiętać, że o wiele łatwiej w toku ewolucji następują sybstytucje). Delecje w sekwencji oznacza się za pomocą myślnika "-".

Wyniki:

Wynikiem ćwiczenia jest prawidłowo zrobiony multiple alignment zapisany do pliku *.aln. Dodatkowo należy obliczyć score alignmentu dobierając dowolne wartości dla poszczególnych punktowanych opcji.

Wnioski:

We wnioskach powinno znaleźć się wyjaśnienie kiedy korzystniejsze wydaje się wstawienie delecji/insercji, a kiedy substytucji. Ponadto należy opisać jakie wybrano wartości dla poszczególnych opcji punktowanych do score.