Działalność naukowo-badawcza realizowana w Uniwersytecie obejmuje podstawową działalność statutową, projekty badawcze, projekty celowe, inwestycje służące potrzebom badań naukowych lub prac rozwojowych, działalność wspomagająca badania, programy określone przez Ministra, finansowanie utrzymania specjalnego urządzenia badawczego w jednostkach naukowych, projekty finansowane z funduszy strukturalnych, programy Unii Europejskiej, prace zlecone przez podmioty gospodarcze, dotacje na dofinansowanie zadań badawczych.
W 2011 r. realizowane są 182 tematy statutowe. Tematy badawcze skupione są w 47 problemach badawczych, formułowanych w powiązaniu z priorytetami: uczelnianymi, krajowymi i europejskimi. W większości są to tematy zawierające kilka zadań badawczych.
Projekty badawcze realizowane w Uniwersytecie, finansowane przez Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego, zwane grantami, obejmują projekty: promotorskie mające na celu przygotowanie pracy doktorskiej; własne, w tym projekty habilitacyjne, o tematyce określonej przez wnioskodawcę; zamawiane o tematyce ustalonej w krajowym programie ramowym lub w programie wieloletnim; rozwojowe mające na celu wykonanie zadania badawczego stanowiącego podstawę do zastosowań praktycznych; celowe obejmujące badania przemysłowe; specjalne będące częścią międzynarodowych programów, niepodlegające współfinansowaniu z zagranicznych środków finansowych.
W uczelni realizowane są 274 projekty badawcze finansowane przez MNiSW.
Aktualna kategoryzacja Wydziałów:
Wydział --- Kategoria jednostek
Bioinżynierii Zwierząt --- 1/A
Biologii --- 2/B
Geodezji i Gospodarki Przestrzennej --- 3/B
Humanistyczny --- 2/B
Medycyny Weterynaryjnej --- 1/A
Nauk Technicznych --- 4/C
Nauki o Żywności --- 1/A
Ochrony Środowiska i Rybactwa --- 1/A
Nauk Społecznych --- 2/B
Kształtowania Środowiska i Rolnictwa --- 1/A
Teologii --- 3/B
Nauk Ekonomicznych --- 3/B
Matematyki i Informatyki --- 3/B
Prawa i Administracji --- 2/B
Nauk Medycznych --- 3/B
Sztuki --- 5/C
Uniwersytet aktywnie tworzy funkcjonalne centra badawcze i klastry. Aktualnie w UWM działa siedem centrów badawczych (Centrum Badań Energii Odnawialnej, Centrum Badań i Rozwoju Mleczarstwa, Centrum Badań Europy Wschodniej, Centrum Badań Społecznych, Centrum Badań Żywności Naturalnej i Tradycyjnej, Centrum Nutri-Bio-Chemiczne, Centrum Innowacyjnych Technik Diagnostycznych i Terapeutycznych). Uczestniczymy w tworzeniu sześciu klastrów: Kętrzyński Klaster Energii Odnawialnej, Bałtycki Klaster Ekoenergetyczny, Klaster Browarniczy, Klaster Mleczarski, Warmińsko-Mazurski Klaster „Razem Cieplej”, Klaster Mazurskie Okna. Ponadto UWM w Olsztynie jest członkiem Konsorcjum Centrum Zaawansowanych Technologii RIMAMI.